Οι στόχοι του ηλεκτρονικού εμπορίου εκτείνονται σε όλους τους οικονομικούς τομείς. Οι βασικότερες χρήσεις του σήμερα περιλαμβάνουν την αυτοματοποίηση, την απλοποίηση και τον επανακαθορισμό επιχειρηματικών διεργασιών, τη δημιουργία εξατομικευμένων σχέσεων, τη βελτίωση της ποιότητας και τη δημιουργία υπηρεσιών και προϊόντων, τη μείωση του κόστους και την αύξηση του περιθωρίου κέρδους.
Όπως είναι φανερό οι στόχοι του ηλεκτρονικού εμπορίου είναι κατά βάση δύο. Η βελτιστοποίηση των υπαρχόντων δομών με την εισαγωγή αυτοματοποίησης στην επιχείρηση και η δημιουργία και ο έλεγχος καινούργιων προϊόντων και υπηρεσιών.
Το ηλεκτρονικό εμπόριο προσφέρει την δυνατότητα για αύξηση της ανταγωνιστικότητας των επιχειρήσεων (με καινοτόμα επιχειρηματικά μοντέλα, με προσωποποιημένες υπηρεσίες, με ανάλυση δεδομένων αγοραστικής συμπεριφοράς κλπ) αλλά και την δημιουργία νέων επιχειρήσεων αξιοποιώντας τις δυνατότητας των ψηφιακών μέσων, όπως είναι το Διαδίκτυο. Η καινοτομία επίσης είναι ένα ουσιαστικό εργαλείο στο σύγχρονο επιχειρηματικό περιβάλλον για αυξημένη παραγωγικότητα, προστιθέμενη αξία, εξωστρεφή ανταγωνιστικότητα και βιώσιμη ανάπτυξη.